Zeitweise kann man das Stillen mit der Brust auch mit der Ernährung aus der Flasche ersetzen, so kann man zum einen Säuglingsmilch oder auch abgepumpte Muttermilch mit der Flasche füttern. Eine so genannte „2-Milch-Ernährung“ kann dann verwendet werden, wenn das Baby zum Beispiel nicht ausreichend an Gewicht zunimmt, noch zu klein für die Breikost und die Mutter berufstätig ist, nicht abpumpen kann oder möchte und daher nicht zu jeder Zeit das Baby stillen kann.

Hat man sich dazu entschieden, dass das Baby auch dann, wenn man nicht da ist, mit Muttermilch ernährt werden soll, dann füllt man Flaschen mit abgepumpter Milch, die man demjenigen übergibt, der auf das Baby aufpasst. Danach kann man das Kind wieder mit der Brust stillen. Auch zwischendurch – während der Arbeit zum Beispiel – kann man immer wieder aus jeder Brust etwa zehn bis 20 Milliliter Muttermilch abpumpen, um so einen Milchvorrat zu sammeln. Dieser Vorrat an Muttermilch sollte im Kühlschrank aufbewahrt oder eventuell auch eingefroren werden.

Manche Mütter entscheiden sich für eine Kombination von Mutter- und Säuglingsmilch, das kann daran liegen, dass sie Schwierigkeiten haben, die benötigte Menge an Muttermilch abzupumpen. Hier gilt, dass die Kombination von natürlicher Muttermilch und industriell hergestellter Säuglingsmilch noch immer besser ist, als dass man überhaupt mit dem Stillen aufhört. Bevor man als Mutter weniger stillen möchte oder muss (weil man wieder berufstätig wird), muss die Zahl der Stillmahlzeiten Schritt für Schritt weniger werden. So wird vermieden, dass die Brüste anschwellen und ständig Milch tropft. Prinzipiell gilt für die fehlende Still-Mahlzeiten eine Gewöhnungsdauer von drei bis sieben Tagen, für den Körper ist es also gut, zunächst immer eine Mahlzeit pro Woche auszulassen.

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Manche Babys, die gestillt werden, können zu Beginn nicht mit der neuen Art zu saugen umgehen und verweigern die Flasche. Hier empfiehlt es sich, den Sauger ein bisschen zu wärmen und das Füttern mit der Flasche jemand anderem zu übergeben; ein Grund, warum das Baby die Flasche nicht annimmt kann sein, dass es die Muttermilch an der Mutter riecht. Man kann aber auch versuchen, das Baby mit dem Rücken an den Bauch der Mutter zu drehen, somit zeigt das Gesicht des Babys nach vorne.

Wichtig ist auch, die Wahl des richtigen Fläschchens bzw. des passenden Saugers. Dieser sollte der mütterlichen Brust möglichst ähnlich sein, der Saugansatz muss breit sein, damit das Kind nicht gezwungen ist, einen Spitzmund zu formen. Zudem sollte es sich um ein möglichst kleines Loch handeln, damit sich das Kind auch beim Trinken aus der Flasche anstrengen muss, ansonsten kann es sein, dass es mit der Zeit das etwas mühsamere Stillen an der Brust nicht mehr akzeptiert.

Ab dem sechsten Lebensmonat, bzw. sobald man die mit der Fütterung von fester Nahrung beginnt, benötigt das Baby weniger Milch. Oft ist es dann so, dass das Kind nur noch vor dem Schlafengehen gestillt werden möchte und ansonsten aus der Flasche oder einem Becher trinkt.